成立区域协作组织。1999年2月22日，尼罗河流域历史上第一次建立了政府间的合作组织——尼罗河流域倡议组织（NBI），目前该组织包括布隆迪、刚果民主共和国、埃及、埃塞俄比亚、肯尼亚、卢旺达、南苏丹、苏丹、坦桑尼亚和乌干达10个国家，厄立特里亚作为观察员参加。尼罗河部长理事会是NBI的最高决策和政策制定机构，由每个成员国负责水务的部长组成；尼罗河技术咨询委员会主要提供技术支持，每个成员国有两名政府高级官员参加。作为一个由各国政府部长推动和指导的区域政府间伙伴关系，NBI提供了一个包容共进、协商对话、信息共享以及水资源联合规划的交流平台。成员国一直定期举行会议，截至2020年，尼罗河部长理事会已连续举行了28次年度会议，东尼罗河水部长理事会和尼罗河赤道湖部长理事会分别召开了32次和22次会议。2011年尼罗河部长理事会通过了尼罗河流域可持续发展框架（NBSF），虽然NBSF不是一个法律框架，但规定了尼罗河水资源管理和开发的指导原则，是一套包含战略、规划、政策的行动指南，其目的是寻求建立共识，帮助流域国家逐步调整水政策体系以利于流域内各国的可持续发展。
实施全流域的综合管理。尼罗河流域的气候具有多样性，水资源分布不均，水系十分复杂。生态气候的复杂，加上人口增长与贫困等多重压力，流域内各国对水资源的需求与日俱增，均加快了对尼罗河的开发与利用，这导致流域国家既存在环境退化、洪水频发、干旱成灾的生态问题，也面临能源匮乏、水资源分配开发等经济发展挑战。因此，尼罗河流域国家的合作遵循可持续发展理念，综合考虑经济、社会、生态、环境等多种因素，采用流域整体规划管理等方式手段，统筹不同领域、部门、人群的广泛参与，保障流域可持续发展有序推进。流域国家在水安全、能源安全、粮食安全、环境可持续性、适应气候变化和跨界水治理六个方面展开了多层次合作。例如，在水安全方面，面对尼罗河流域人均水资源利用率下降的趋势，NBI制定了灌溉用水节水方案，实施了流域监测和监测网络数据分析，促进了地表水和地下水资源的联合利用。在能源安全方面，改善电力供应，为尼罗河流域经济发展提供能源保障。
推行项目制管理模式。国际河流的合作形式多样，内容丰富。尼罗河流域国家主要通过项目制的形式推进水资源的开发与合作治理，以项目为核心，为完成某一特定目标整合各类要素、形成合力。尼罗河流域是最后一批具有全球意义的生物多样性资产的所在地，世界上最大的哺乳动物迁徙路线在尼罗河流域，为此，NBI在其成立初期就启动了尼罗河跨界环境行动项目，对这些环境资产进行广泛的清查和对生物多样性进行评估。尼罗河流域区域水文气象系统项目于2019年11月在9个国家启动实施，共指定了73个水文站，该系统将共享气象数据和知识，为流域内国家的规划和决策提供信息，以便更好地监测尼罗河水资源数量、质量、空间分布、开发利用、生态状况及动态变化。《我们的尼罗河2020》报告中的数据显示，投资项目已超过80个，总投资额超过65亿美元，涉及领域包括水电开发、电力传输互联和贸易、灌溉和排水、渔业、防洪预警以及内河运输等。
借助第三方力量寻求合作。尼罗河流域国家在加强区域合作的同时，还积极开展国际合作。一方面，由于尼罗河沿岸国家多为贫困国家，因此对外部援助依赖性较强，希望通过第三方介入寻求更多的资金、技术支持。NBI从成立至2020年6月的收入中，世界银行管理的尼罗河流域信托基金赠款组合占40%，德国国际合作公司占5%，非洲开发银行占6%，联合国开发计划署、全球环境基金、欧盟、斯德哥尔摩国际水研究所和曼彻斯特大学等占15%。国际机构往往采用信托基金、贷款、捐赠的形式提供资金支持，2020年，由非洲开发银行、瑞士银行、日本国际协力机构和荷兰政府提供资金的尼罗河赤道湖国家电网项目已完成930公里的输电线路建设。另一方面，由于上下游国家的利益诉求不同，尼罗河流域缺乏权威的协调机制，需要通过第三方介入积极斡旋。例如，埃及、苏丹和埃塞俄比亚三国就复兴大坝问题进行了数十年谈判。期间，欧盟、世界银行和非洲联盟都曾作为观察员参与调停，这些国际组织虽然没有帮助三国达成协议，但是国际力量的参与限制了三国采取极端行动的可能，为三国对话搭建了平台，防止了矛盾升温。
开展广泛的国家间培训课程。尼罗河流域国家水资源技术专家很少，相关技术人员能力非常有限，因此，尼罗河流域国家合作之初就侧重于技术问题。NBI特别针对政府工作人员提供了广泛的技术培训，截至2020年，至少有2万余名尼罗河流域水资源专业人员和利益相关者接受了一系列由NBI推动的培训，培训主题包括气候变化建模、媒体关系、通信、地理信息系统、水文测量、水文信息学、综合水资源管理、流域数据库管理、项目规划和管理、国际水法、水外交和冲突解决等。经过培训，各级政策决策者以及水资源专业人员的观念和态度正在发生明显的变化——更加强调谈判、对话、合作和联合决策。
