2022年3月25日至4月25日，中央第五生态环境保护督察组对新疆维吾尔自治区和新疆生产建设兵团开展了第二轮生态环境保护督察，并于6月1日反馈了督察意见。经党中央、国务院批准，10月11日自治区正式印发了《新疆维吾尔自治区和新疆生产建设兵团贯彻落实第二轮中央生态环境保护督察报告整改方案》（以下简称《整改方案》）。
新疆维吾尔自治区党委、政府高度重视中央生态环境保护督察整改工作，自治区党政主要负责同志先后组织召开党委常委会议、自治区中央生态环境保护督察反馈意见整改工作领导小组会议、“乌—昌—石”区域兵地大气污染防治工作推进会、新疆生态文明建设和生态环境保护暨中央生态环境保护督察整改动员大会等研究部署督察整改相关工作，作出重要指示批示96次。自治区党政主要负责同志深入一线督导推动问题整改，赴塔里木河流域、玛纳斯河流域、玛纳斯国家湿地公园、“乌—昌—石”区域等地调研督导整改工作。成立了自治区党政主要领导任组长和第一副组长，相关部门主要负责同志为成员的自治区中央环境保护督察反馈意见整改工作领导小组，下设4个专项工作组，统筹抓好中央生态环境保护督察整改任务的落实。
同时，为科学、规范、有序推动督察整改工作，自治区研究制定了验收销号、清单化调度、督导检查等6个配套制度，各地各部门通过会议部署、定期调度、现场督导等方式，合力推动问题有力有序整改。
目前，《整改方案》明确自治区2022年底需完成的2项整改任务已完成。中央第五生态环境保护督察组向自治区转办的1755件信访件已办结1610件，阶段办结87件，其余正在有序推进。
