深入推进跨部门综合监管，是加快转变政府职能、提高政府监管效能的重要举措，但目前一些地区一些领域仍然存在监管责任不明确、协同机制不完善、风险防范能力不强以及重复检查、多头执法等问题。
为此，指导意见要求，对涉及多个部门、管理难度大、风险隐患突出的监管事项，建立健全跨部门综合监管制度，强化条块结合、区域联动，完善协同监管机制，提升监管的精准性和有效性，维护公平竞争的市场秩序，为加快建设全国统一大市场、推动高质量发展提供有力支撑。
指导意见强调，2023年底前，建立跨部门综合监管重点事项清单管理和动态更新机制，在部分领域开展跨部门综合监管试点，按事项建立健全跨部门综合监管制度，完善各司其职、各负其责、相互配合、齐抓共管的协同监管机制。到2025年，在更多领域、更大范围建立健全跨部门综合监管制度，进一步优化协同监管机制和方式，大幅提升发现问题和处置风险能力，推动市场竞争更加公平有序、市场活力充分释放。
为健全跨部门综合监管体制机制，指导意见要求，确定跨部门综合监管事项清单，对食品、药品、医疗器械、危险化学品、燃气、特种设备、建筑工程质量、非法金融活动等直接关系人民群众生命财产安全、公共安全和潜在风险大、社会风险高的重点领域及新兴领域中涉及多部门监管的事项，要积极开展跨部门综合监管。同时，要完善跨部门综合监管制度规则，各地区各部门要强化监管政策的协同性、有效性和可操作性，既要防止出现监管漏洞，又要避免政策叠加造成不利影响。支持各地区实施综合监管“一业一册”告知制度，一类事项制定一册合规经营指南，一次性告知市场主体合规经营要求，稳定市场主体监管预期。
为提升跨部门综合监管联动效能，指导意见强调，加强部门与地方监管联动，行业主管部门要会同相关监管部门建立健全跨部门综合监管事项信用评价指标体系，明确分级分类标准及相应的协同监管措施。加强跨区域监管联动。针对跨部门综合监管涉及的跨区域监管缺位、管辖争议、执法办案困难等问题，建立健全源头追溯、信息共享、线索移送、联合调查、执法联动、执法互认等机制。加快推进食品安全、道路运输安全、知识产权保护、资质资格认定、商业特许经营等跨区域监管协作，切实加强大气污染、水污染、固体废物转移等跨区域联防联治。鼓励跨行政区域按规定联合发布统一监管政策法规及区域性地方标准，加强调查取证和案件处置合作，京津冀、长三角、粤港澳大湾区、成渝等地区要积极探索创新联合监管模式。
